Originalmente, Metal Gear Solid V: The Phantom Pain não deveria se encerrar nas missões do capítulo 2. O jogo, se Hideo Kojima não tivesse tido grandes desentendimentos com a Konami, iria até uma terceira parte. Na missão 51, "Kingdom of Flies", Eli (Liquid Snake) sequestraria o robô Metal Gear Sahelanthropus junto com um helicópeto para levar até sua milícia de crianças soldados na África.
Big Boss abate o robô bípede numa região contamida com o vírus da língua inglesa. Devido a uma cegueira de cor temporária, Boss atinge Eli com tiros, mas o rapaz sobrevive. O jogo encerra com Liquid Snake desejando vingança contra seu "pai" nos Estados Unidos.
Quer ver como seria o fim do game? Confira a animação abaixo, junto com o final original.
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